Bu denli parlak bir dönemde Kanuni Sultan Süleyman birçok isyanıda sağlam otoritesi sayesinde bastırmıştır
Kanuni Sultan Süleyman, padişahlığının ilk yıllarında bazı iç isyanlarla uğraştı. Mısır'ın fethinden sonra Yavuz Sultan Selim'in Şam Valisi olarak atadığı Canbirdi Gazeli'nin çıkardığı isyan bunlardan ilkidir. Amacı Memlük devletini yeniden kurmak olan Canbirdi Gazeli, 1521 yılının Ocak ayında Dulkadiroğullarından Şehsuvaroğlu Ali Bey komutasındaki Osmanlı kuvvetleri tarafından bozguna uğratılarak yakalandı ve idam edildi. Kanuni Sultan Süleyman, sonraki yıllarda yine Mısır'da sadrazamlık hakkının kendisinde olması gerektiğini savunan Ahmet Paşa, Anadolu'da Safevilerin desteğiyle ortaya çıkan Kalender Çelebi ve vergi sistemini bahane ederek ayaklanan Baba Zünnun (1527) isyanlarıyla uğraştı. Çıkan tüm bu isyanlar Osmanlı kuvvetleri tarafından başarıyla bastırıldı.
A-Canberdi Gazali İsyanı
Memluk komutanlarından olup, Yavuz'un Memluk seferinde Osmanlılara karşı savaşmış; Memlukler yıkılınca Yavuz'un gözüne girmeyi başarmış ve Şam valiliğine tayin edilmişti. Yavuz'un ölümüyle, Memluk Devleti'ni yeniden kurmak için isyan etti.1521. İsyan bastırıldı.
B-Şahsuvaroğlu Ali Bey'in idamı
Şahsuvaroğlu Ali Bey, Yavuz zamanında Dulkadiroğullarının alınmasından sonra, Dulkadir Beyliğine atanmıştı. Ali Bey, Osmanlı Devleti'ne bağlı olmakla birlikte, yarı mustakil bir hüviyete sahipti. Devlete birçok yararlıkları olmuştu. Gerek Bozoklu Celal ve gerekse Canberdi Gazali isyanının bastırılmasında birinci derecede rol oynamıştı. Ancak bu iki isyanın da bastırılması için devlet tarafından görevlendirilen Ferhat Paşa'dan önce işe müdahale ederek kendini göstermesi; Ferhat Paşa'nın kıskanmasına neden olmuş, bu da Ali Bey'in sonunu hazırlamıştır.
Ferhat paşa'nın Kanuni'ye, Ali Bey'in yakında bir isyana kalkışacağı şeklindeki şikâyeti üzerine yakalanıp idam edilmiştir.1522.
C-Ahmet Paşa İsyanı
Yaşlı sadrazam Piri Mehmet Paşa emekliye ayrıldıktan sonra yerine II. Vezir Ahmet Paşa sadrazam olması gerekirken Kanuni, İbrahim Paşa'yı sadrazam yapınca Ahmet Paşa buna çok gücendi ve Kanuni'den Mısır'a vali olarak atanmasını istedi. Kanuni de onun isteği doğrultusunda Ahmet Paşa'yı Mısır'a Vali yaptı.1523
Ahmet Paşa Mısır'a gidince orada isyan etti.1524. Uzun uğraşlar sonucunda yakalanarak öldürüldü.
Ahmet Paşa, Osmanlı tarihine bir hain olarak geçmiş ve “ Hain Ahmet Paşa “ olarak anılmıştır.
D-Baba Zünnun İsyanı
Bozok (Yozgat) Sancağında arazi tahriri yapılırken bir türkmene fazla vergi takdir edilince itiraz etti. Reddedilince Baba Zünnun önderliğinde ayaklanma çıktı.1526'da Baba Zünnun Adana Valisi Piri Bey tarafından öldürülünce isyan bastırıldı.
E-Domuzoğlu, Yekçe Bey ve Veli Halife İsyanları
Toroslar Bölgesinde, Adana Vilayeti dahilinde 1527'de etraflarına adamlar toplayarak devlete karşı ayaklanan bu kişiler; yine Adana Valisi Piri Bey tarafından ortadan kaldırıldılar.
F-Kalender Çelebi İsyanı
Hacı Bektaşi Veli soyundan olduğu için, bu özelliğini kullanarak etrafına Karaman'dan Maraş'a kadar birçok taraftar toplayarak ayaklandı. Kanuni dönemi'nin en geniş çaplı ayaklanmasıdır.1526'dan 1527' ortalarına kadar süren bu ayaklanma Vezir-i azam İbrahim Paşa tarafından bastırılmıştır.
G-Üzeyr'li seyid İsyanı
Adana-Dörtyol bölgesinde 1529'da çıkan bu isyan, Adana Valisi Piri Bey tarafından bastırılmıştır.
