Osmanlıların zaferi ile sonuçlanan ve onlarin Bati Akdeniz'den çıkarılamayacağını bir kere daha ortaya koyan Cerbe muharebesinden sonra dikkatler Malta'ya çevrilir. Zira Mısır, Trablusgarp, Cezayir ve diğer bazı mühim yerlerin idare ve emniyeti, Malta'nın Osmanlı idaresinde bulunmasını gerektiriyordu. Daha önce temas edildiği gibi Rodos Adası'nın Osmanlılar tarafından fethini (L522) müteakip Malta Adası, Şarlken tarafından buradan çıkarılan Saint Jean şövalyelerine verilmişti. Ada, kısa bir zaman içinde şövalyeler tarafından pek müstahkem bir hale getirilmişti. Cezayir yolu üzerinde bulunan adadaki şövalyeler, korsanlık faaliyetlerini sürdürüyor, Türk ticaret gemilerini vurmak suretiyle Osmanlı ticaretine zarar veriyor ve nihayet Osmanlar aleyhine olan savaşlara (Preveze ve Cerbe gibi) iştirak ediyorlardı. Ayrıca Hıristiyan korsan gemileri de burada kendileri için çok güvenli bir sığınak buluyorlardı. İste bütün bu sebepler göz önüne alındığı zaman Osmanlılar bakımından Malta'nın fethi kaçınılmaz bir gereklilik olarak ortaya çıkıyordu. İspanyollar ise Malta'nın fethinin sonunda Osmanlı donanmasının Sicilya, Napoli ve havalisine geleceğini bildiklerinden, Malta'nın savunmasına büyük bir önem veriyorlardı. Bütün bu diplomatik ve stratejik düşüncelere rağmen Osmanlılar, Malta seferi konusunda pek istekli görünmüyor veya en azından acele etmiyorlardı. Fakat bu sıralarda saray için alınan eşyayı getiren bir Türk gemisinin Zenta ve Kefalonya adaları arasında 7 (Yedi) Malta korsan gemisi tarafından zapt edilmesi, adanın, Osmanlılar tarafından zaptı hakkındaki tasavvur ve düşünceyi meydana çıkardı.
Yıllardan beri "ahali-i İslâm-i nüsret encâma zarar ve haşaretten hâli olmayan" Malta şövalyelerine ait "kıla' ve buka'ın kal' ve kam'ına" karar verilince yani Malta'ya sefer kararı alınınca, büyük bir hazırlığa girişilir. Haliç, Gelibolu ve Sinop tersanelerinde yeni gemiler inşa ve mevcudular tamir edilip kalafatlanırken, bazı gönüllü reisler için Rodos'ta l8 oturaklı kaliteler yaptırılması yoluna da gidilir.
Malta üzerine gönderilecek kuvvetlere Besinci Vezir Kızılahmedlü Mustafa Pasa serdar tayin edilerek seferin bütün salâhiyeti kendisine verilmişti. Donanma ise Cerbe gâlibi Cezayir Beylerbeyi Kaptan-i derya Piyâle Paşa'nın emrine verilmişti. Ayrıca Beylerbeyi Turgut Pasa (Reis)'ya da emirler gönderilerek Piyâle Paşa'ya yardımda bulunması istenmişti. Mühimce Defterlerindeki kayıtlardan anlaşıldığına göre bu konuda Turgut Reis'e biri 25 Rebiulevvel 972 (3l Ekim l564), diğeri de bundan dört gün sonra 29 Rebiulevvel 972 (4 Kasım l564)'de gönderilmiştir.
Osmanlı donanması, 29 Mart l565'te 300'e yakin irili ufaklı gemi ve 40-50 bin kişiden müteşekkil muazzam bir ordu ile Malta'ya hareket eder. L9 Mayıs'ta adaya varılarak karaya asker çıkartılır. Kanunî'nin emir ve tavsiyelerine rağmen çok tecrübeli bir denizci olan Turgut Reis gelmeden kuşatmaya başlanarak yanlış mevkilere hücuma geçilir. Bununla beraber Turgut Reis'in aldığı önlemlerle bu hatalar düzeltilir. Ancak Turgut Reis, hücum yapıldığı sırada (L8 Haziran) Sant Elmo burçları önünde, atılan bir top güllesinin çarptığı kayadan fırlayan bir tasın basına isabet etmesiyle yaralanır. Dört gün ve gece kendini bilmeden (Koma hali) yatar. Burçların feth edildiği besinci günü (23 Haziran) vefat eder. Cesedi beş parça kadırgasıyla Trablus'a gönderilip orada yaptırdığı câmi ve medresesinin yanındaki türbesine defnedilir.
Saint Helen kalesi on yedi günde (24 Haziran l565) alınmakla beraber asil maksat olan Malta muhasara edilir. Bundan sonra şiddetlenen çarpışmalar, Osmanlı ordusunda büyük zayiatlara yol açar. Sicilya genel valisinin İspanya, Fransa ve Papa'nın desteğiyle 72 kadırga ve on bin askerle yardıma gelmesi ve deniz mevsiminin geçmekte oldugunun görülmesi üzerine kalenin alınamayacağı anlaşılarak kuşatmaya son verilir. Serdar Mustafa Pasa, Turgut gibi büyük bir denizci ile takriben 20.000 askerin şahâdetine mal olan bu kuşatmayı kaldırarak ll Eylül'de asker ve malzemeyi gemilere yükleyerek denize açılır. Bu muvaffakiyetsizlik üzerine Malta seferi için Serdar tayin edilen Mustafa Pasa vezirlikten azl olunur.
Fethi için büyük hazırlıklar yapılan ve maalesef büyük zayiatlara sebebiyet veren bu kuşatmanın kaldırılmasına, kalenin hem müstahkem bir mevkide bulunması hem de sağlam surlarla çevrili olmasının yanında ada, gereği gibi abluka altına alınamıyordu. Bu da kaleyi müdafaa edenlere dışarıdan devamlı yardımların gelmesine sebep oluyordu. Bu arada kuşatma planında yapılan büyük hatalar, kuşatmanın uzamasından dolayı donanmanın maruz kaldığı erzak ve malzeme sıkıntısı ile orduda hastalığın bas göstermesi gibi durumlar, adanın fethine imkân vermemişti.
Kanunî Sultan Süleyman, bu basarisizliği hazmedemeyecek ve yeni bir seferin açılması için hazırlıklara başlanmasını emredecektir. Ancak Avrupa'ya yeni bir kara harekâtının yapılma mecburiyeti, bu seferi ikinci plana itmiştir. Bununla beraber Kanunî, son seferi olan Zigetvar'a çıkmadan önce donanmaya denize açılma emrini vermişti. Bu sefer sonunda Sakız Adası bütünüyle Osmanlı hâkimiyetine geçecektir.9. Sakız Adası'nın Alınması Donanma, Kanunî'nin emri üzerine harekete geçip denize açılmıştı. Gerçi Sakız Adası, daha Fâtih Sultan Mehmed zamanında vergiye bağlanmıştı. Ancak bura sakinleri, fırsat buldukça Osmanlıların askerî harekâtları ile donanmanın durumu hakkında dışarıya bilgi sızdırmaktan geri kalmıyorlardı. Zaman zamanda vergilerini aksatıyorlardı. Bundan başka Malta kuşatması sırasında da bazı Sakızlılar, Osmanlılar'a karsı savaşmışlardı. Öte yandan, tamamen Osmanlı hâkimiyetindeki Ege Denizi'nde böyle bir adanın bulunması, Osmanlı menfaatlerine zarar verebilirdi. Katim Çelebi'nin ifadesiyle Kanunî, bütün bu durum ve sebepleri su sözlerle ifade ediyordu:
"Mısır diyarına giden hacıların yol üzerinde kıyıya yakin Sakız Adası hisarında oturan kâfirler görünüşte haraca bağlı iseler de savaşçı kâfirlerle iyi dostluk üzere olup her daim devlet kapısında olan isleri yazıp bildirmektedirler ve donanma-yi hümâyûn gemileri çıktıkça kaç gemidir ve ne yana gidecektir hep bildirip ufak İslâm gemilerine zarar eriştirmekten geri durmadıklarını biliyorum. Ne yoldan olursa bu adayı tutup almaya dürisesin. Diye buyurmuşlardı. " Bunun üzerine 973 baharında (Mart - Nisan 1566) Kaptan Piyâle Pasa 70 parça kadırga ile denize açılıp, adanın karsısındaki Çeşme'ye gelir. Donanmanın Çeşme'ye geldiğini gören Sakızlılar, bazı hediye ve armağanlarla Kaptan Paşa'ya geldilerse de bu, kalenin zaptına mâni olamadı. Zira Pâdişah'ın bu konudaki emri kesindi. Bu sebeple 24 Ramazan 973 (14 Nisan 1566)'da Sakız'a gelen Piyâle Pasa, kan dökmeden adayı zapt edip onu bütünüyle Osmanlı hâkimiyetine alır. Buraya muhafızlar koyan Piyâle Pasa, büyük kiliseyi de câmi haline getirmişti. Böylece Ceneviz, Ege'deki son kolonisini de kaybetmiş oluyordu. Türklerin adayı ele geçirmesi, Katolik Cenevizlilerin tazyiklerinden şikâyetçi olan yerli Rumlar tarafından sevinçle karşılanmıştı. Böylece Sakız Adası da diğer komsu adalar gibi Osmanlı hakimiyetinin sağladığı müsamaha havasından faydalanmıştır.
Sakız Adası'nın artik bütünüyle Osmanlı hâkimiyetine girdiği haberini alan Kanunî, "Eyi tedarik olunmuş" diyerek memnuniyetini izhar etmişti. Piyâle Paşa'ya gönderilen hükümde ise Sakız'ın bir sancak halinde Kaptan pasa eyâletine ilhakı uygun görülmüş ve buranın sancakbeyliği Kırşehir Beyi Gazanfer Bey'e 50.000 akça terakki ile tevcih olunmuştu. Ayrıca Sakız'ın tahriri yapılarak buranın gelirleri ile nüfusu tespit edilmişti. Bu esnada Sakız'ın ileri gelenleri İstanbul'a gönderilmişti.
