Kanuni Sultan Süleyman'ın yaşının ilerlemesiyle birlikte, oğullarından kimin tahta çıkacağı konusunda ciddi bir çekişme başladı. Hürrem Sultan, Kanuni'nin ilk oğlu Şehzade Mustafa'yı devre dışı bırakıp kendi oğullarından birini tahta çıkarmak için stratejik hamleler yapmaya karar verdi. Bu doğrultuda, Hürrem Sultan kızı Mihrimah Sultan'ı Rüstem Paşa ile evlendirdi. Daha sonra veziriazam olacak olan Rüstem Paşa, Şehzade Mustafa'nın bertaraf edilip yerine Hürrem Sultan'ın oğullarından birinin veliaht tayin edilmesinde en büyük yardımcısı olacaktı.

Ulema, halk ve yeniçeriler, Şehzade Mustafa'nın padişah olmasından yana tavır almışlardı. Ancak Hürrem Sultan ve Kanuni, Şehzade Mehmed'i destekliyorlardı. Veliahtlık meselesiyle ilgili dedikodular yayılmaya başladığında, Mustafa'nın yanındakilerin teşviki ile Şehzade Mustafa, saltanat merkezine daha yakın olan Manisa sancakbeyliğinden alınıp yerine Şehzade Mehmed atanmıştı. Mustafa ise Amasya'ya gönderildi. Ancak bir yıl sonra, Şehzade Mehmed'in beklenmedik ölümü, Şehzade Mustafa'yı tekrar şanslı duruma getirdi. Buna rağmen, saraydaki entrikalar bitmiyordu. Ard arda gelen iftiralar, padişahın şehzadeye karşı olumsuz düşünceler geliştirmesine neden oldu. Bu iftiraların arkasında Sadrazam Rüstem Paşa'nın büyük bir etkisi vardı.

Rüstem Paşa, gizlice şehzadenin mührünü kazıtarak, Şehzade Mustafa'nın ağzından İran Şahı Tahmasb'a bir mektup yazdı. Şahın cevaben yazdığı mektubu da ele geçirdi. Bu sahte mektupları gerektiğinde padişaha göstererek, Şehzade Mustafa'nın sonunu hazırlamayı planladı. 1552 yılında, Rüstem Paşa Doğu Seferi'ne gidecek ordunun başına getirildi. Sefer sırasında Anadolu'da herkesin Şehzade Mustafa'yı desteklediğini gördü. Askerler arasında da artık 60 yaşına gelmiş olan Kanuni'nin yaşlandığı, son on yıldır ordunun başında sefere bile çıkmadığı, yerini bu işi gerçekten hak eden Mustafa'ya bırakması gerektiği yönünde dedikodular yayılmaya başladı.

Rüstem Paşa, bir adamını İstanbul'a göndererek meydana gelen olayları ayrıntısıyla Kanuni'ye iletti. Ayrıca, Şah Tahmasb'a yazdığı sahte mektupları da Şehzade Mustafa'nın aleyhine delil olarak gönderdi. Rüstem Paşa, Kanuni'yi tamamen oğluna düşman etmişti. Özellikle “tahtı bırakması” yönündeki dedikoduları duyan Kanuni, iyice sinirlenmiş ve üzülmüştü.

Kanuni Sultan Süleyman, derhal Rüstem Paşa'yı geri çağırarak seferin ertesi yıl bizzat kendi idaresinde yapılacağını bildirdi. Ertesi yıl 1553'te İran Seferi'ne padişah kendi çıktı. Ordu, 5 Ekim 1553'te Konya Ereğlisi yakınlarındaki Aktepe mevkiinde konakladı. Padişahın yanında Şehzade Cihangir ve yolda orduya katılan Şehzade Selim bulunmaktaydı. Kendisine orduya katılması talimatı verilen Şehzade Mustafa, babasının kendisiyle ilgili düşüncelerinden habersiz olarak orduya katıldı. Kendisini çok seven ikinci vezir Kara Ahmed Paşa'nın ikazlarıyla bazı şeylerin ters gittiğini fark etti.

Akşama doğru babasının otağından kendisine doğru üzerinde kâğıt bulunan bir ok atıldı. Kâğıtta, babasının otağına kesinlikle gitmemesi, aksi halde babasının onu öldüreceği yazılıydı. Şehzade Mustafa bunu Rüstem Paşa'nın kendisine karşı bir hilesi olarak düşündü. Hem otağa gitmemenin babasına karşı bir saygısızlık olacağını düşündü. Ayrıca, Şehzade Mustafa, babasının kendisini öldürebilecek büyüklükte bir suç işlemediğini ve Rüstem Paşa dahil hiç kimsenin, babasının kendisine ölüm kararı verebilecek derecede etkileyebileceğine inanmıyordu.

Çadıra giren şehzadeye yedi dilsiz cellat saldırdı. Şehzade Mustafa, mücadele etmesine rağmen cellatlar tarafından boğularak öldürüldü. Şehzade Mustafa'nın ölümü, ordu arasında derin bir üzüntü ve hoşnutsuzluk meydana getirdi. Şehzadenin başına gelenlerin sorumlusu olarak tepkiler Rüstem Paşa'ya yönelince, padişah ortamı yatıştırmak için Şehzade Mustafa'ya yakınlığı ile bilinen Kara Ahmed Paşa'yı veziriazamlığa getirdi. Şehzadenin cenazesi Bursa'ya gönderilerek İkinci Murad türbesine defnedildi.

Şehzade Mustafa'nın adına birçok mersiye yazıldı. Bunların en meşhuru, padişahı suçlayan Taşlıcalı Yahya'nın mersiyesidir.